Institut Agama Islam Negeri Bone mempunyai sejarah tersendiri, diawali dari sebuah Universitas Islam Raya Bone pada tahun 1964. Pada tahun 1967 berubah status menjadi Perguruan Tinggi Negeri dengan Fakultas Syariah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Alaudin Makasar di Watampone sebagai kelas filial dari Fakultas Syariah IAIN Alaudin Makasan berdasarkan Surat Keputusan Rektor IAIN Ujung Pandang Nomor 14 Tahun 1967 tertanggal 14 Juli 1967. Setahun kemudian, tepatnya tahun 1968 berubah menjadi Fakultas Syariah Cabang IAIN Alaudin Makassar berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 166 Tahun 1968, dengan penkhususan menyelenggarakan program Sarjana Muda.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 56 Tahun 1982 berubah status dari Fakultas Cabang IAIN Alaudin Makasar menjadi Fakultas Madya Cabang Alaudin Makassar dengan pengkhususan menyelenggarakan Program Sarjana.
Berdasarkan perkembangan politik dan sistem pemerintahan, tahun 1997 Fakultas Syariah Cabang IAIN Alauddin Ujung Pandang berubah secara kelembagaan menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Watampone berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 11 Tahun 1997, tertanggal 21 Maret 1997, yang ditindaklanjuti dengan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 290-323 tahun 1997, selanjutnya dijabarkan lebih detail dengan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI Nomor B/136/1997 tentang Perubahan bentuk Fakultas Syariah Watampone menjadi STAIN Watampone. Berdasarkan Peraturan Presiden No 23 Tahun 2018 tanggal 5 April 2018 yang ditandatangani oleh Presiden Joko Widodo STAIN Watampone beralih bentuk menjadi Institut Agama Islam Negeri Bone. Peraturan presiden ini diundangkan tanggal 7 April 2018 dan tercatat pada lembaran negara tahun 2018 no. 46.
Tujuan dari perubahaan kelembagaan ini, yaitu sebagai upaya pemberdayaan dan pencerahan lembaga pendidikan tinggi, khususnya Pendidikan Tinggi Agama Islam sebagai antipasi tuntutan dan perubahan lingkungan global.
Adapun sejarah kepemimpinan IAIN BONE mulai 1967 hingga sekarang, adalah:
(1) 1967-1970 K.H. Harisah Husain
(2) 1970-1983 Drs.K.H. Muhammad Rasyid
(3) 1983-1985 Drs. H. Moerad Oesman
(4) 1985-1987 Dra. Hj. Andi Rasdiyanah
(5) 1987-1996 Drs. K.H. Muhammad Rusyaid
(6) 1996-2002 Drs. Haddise, MA.
(7) 2002-2006 Dr. H.A. Sarjan, M.A.
(8) 2006-2010 Prof. Dr. H. A. Sarjan, M.A.
(9) 2010-2014 Prof. Dr. H. Syarifuddin Latif, M.Hi
(10) 2014-2016 Prof. Dr. H. Haddise, M.A.
(11) 2016-2016 (28 Juli 2016) Prof. Dr. A. Nuzul, S.H., M.Hum (Plt)
(12) 2016-2018 Prof. Dr. A. Nuzul, S.H., M.Hum
(13) 2018-2022 Prof. Dr. A. Nuzul, SH., M.Hum
(14) 2022-2026 Prof. Dr. H. Syahabuddin, M.Ag
IAIN Bone merupakan satu-satunya Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri yang ada di Kabupaten Bone dan berkedudukan di ibu Kota Watampone.
